Проведение стратегического контроля имеет очень большое значение для организации, более того, неправильно организованная работа по контролю может создавать трудности в работе организации и даже наносить ей вред. К числу возможных негативных проявлений функционирования системы контроля относятся следующие:
подмена целей организации параметрами контроля в результате того, что сотрудники начинают ориентировать свою деятельность на те показатели, по которым их контролируют;
чрезмерное контролирование деятельности подразделений и сотрудников;
перегрузка руководителей информацией, поступающей из системы контроля.
Руководство организации должно иметь четкую позицию в отношении роли и места системы контроля, с тем, чтобы она эффективно справлялась с решением только тех задач, которые соответствуют общим задачам стратегического управления.