Несмотря на то, что инфраструктура рынка ценных бумаг на сегодняшний день достаточно хорошо защищена от нештатных ситуаций, уровень риска любого из участников принципиально не может быть сведен к нулю. Схема работы брокера на бирже через торговые разделы, открытые на счете держателя, предполагает наличие еще одного участника - держателя в системе учета собственных и клиентских ценных бумаг данного брокера. Этот участник вносит в систему собственные риски. Кроме того, дополнительные риски возникают за счет повышения сложности системы. Следовательно, риск работы через торговые разделы, открытые на счетах держателя, возрастает по сравнению с риском работы через торговые разделы, открытые на счетах депо брокера на собственные риски держателя и дополнительные риски за счет усложнения системы.